Am 14.7.2004 wurde vom Bundeskabinett beschlossen, die Eigenheimzulage abzuschaffen. Die hierdurch ersparrten Mittel sollen für Forschung und Entwicklung eingesetzt werden. Damit wird wohl gleichzeitig der Streit um die Eigenheimzulage zwischen Bundesregierung und Europäischer Kommission beigelegt werden.
Darüber hinaus hat die Europäische Kommission wegen der Eigenheimzulage Klage beim Europäischen Gerichtshof gegen Deutschland erhoben, da die Eigenheimzulage einer räumlichen Beschränkung auf Deutschland unterliegt. Für Gebäude außerhalb Deutschlands wird die Zulage indes nicht gezahlt, was nach Ansicht der Kommission einen Verstoß gegen die Freizügigkeitsbestimmung des EG-Vertrages darstellt. So können beispielsweise Grenzgänger, die unbeschränkt in Deutschland steuerpflichtig sind, ihr Eigenheim jedoch außerhalb Deutschlands haben, die Zulage nicht erhalten. Auf eine formelle Aufforderung zur Änderung hin hatte die Bundesregierung bislang eine Änderung abgelehnt.
Die Abschaffung soll ab dem 1.1.2005 wirksam werden, so daß bei Vorliegen aller Voraussetzungen für die Förderung in 2004 - u.a.  Antrag auf Gewährung der Zulage - noch Förderung nach bisherigem Recht möglich ist.